Display in the console¶

You can display your oligonucleotide in the command line. The display shows formatted tables for polymers, monomers, and connections.

Setup¶

HELMshaker bundles no monomers, so every example needs a monomer library. These docs use a small public HELMCore subset committed at docs/examples/docs_library.json. In your own code, pull a dictionary from TMR instead. See Load a monomer library.

In [1]:

Copied!

from helmshaker import Molecule, MonomerLibrary

library = MonomerLibrary()
library.load_from_file("../examples/docs_library.json")
print(f"{len(library)} monomers available")
from helmshaker import Molecule, MonomerLibrary

library = MonomerLibrary()
library.load_from_file("../examples/docs_library.json")
print(f"{len(library)} monomers available")

40 monomers available

In [2]:

Copied!

from helmshaker import Molecule

helm = "CHEM1{[Ahx]}|CHEM2{[PEG4]}|RNA1{[fl2r](U)[sp].[m](C)[sp].[fl2r](U)p.[m](C)p.[fl2r](G)p.[m](U)p.[fl2r](G)p.[m](G)p.[fl2r](C)p.[m](C)p.[fl2r](U)p.[m](U)p.[fl2r](A)p.[m](A)p.[fl2r](U)p.[m](G)p.[fl2r](A)p.[m](A)[sp].[fl2r](A)[sp].[fl2r](T)}|RNA2{[fl2r](U)[sp].[fl2r](U)p.[fl2r](U)p.[fl2r](C)p.[fl2r](A)p.[fl2r](U)p.[fl2r](U)p.[fl2r](A)p.[fl2r](A)p.[fl2r](G)p.[fl2r](G)p.[fl2r](C)p.[fl2r](C)p.[fl2r](A)p.[fl2r](C)p.[fl2r](G)p.[fl2r](A)p.[fl2r](G)p.[fl2r](A)p.[fl2r](U)[sp].[fl2r](U)}$RNA1,CHEM1,59:R2-1:R1|CHEM1,CHEM2,1:R2-1:R1|RNA1,RNA2,2:pair-56:pair|RNA1,RNA2,56:pair-2:pair$$$V2.0"

molecule = Molecule.from_helm(helm, strict=False, monomer_library=library)
molecule.display()
from helmshaker import Molecule

helm = "CHEM1{[Ahx]}|CHEM2{[PEG4]}|RNA1{[fl2r](U)[sp].[m](C)[sp].[fl2r](U)p.[m](C)p.[fl2r](G)p.[m](U)p.[fl2r](G)p.[m](G)p.[fl2r](C)p.[m](C)p.[fl2r](U)p.[m](U)p.[fl2r](A)p.[m](A)p.[fl2r](U)p.[m](G)p.[fl2r](A)p.[m](A)[sp].[fl2r](A)[sp].[fl2r](T)}|RNA2{[fl2r](U)[sp].[fl2r](U)p.[fl2r](U)p.[fl2r](C)p.[fl2r](A)p.[fl2r](U)p.[fl2r](U)p.[fl2r](A)p.[fl2r](A)p.[fl2r](G)p.[fl2r](G)p.[fl2r](C)p.[fl2r](C)p.[fl2r](A)p.[fl2r](C)p.[fl2r](G)p.[fl2r](A)p.[fl2r](G)p.[fl2r](A)p.[fl2r](U)[sp].[fl2r](U)}$RNA1,CHEM1,59:R2-1:R1|CHEM1,CHEM2,1:R2-1:R1|RNA1,RNA2,2:pair-56:pair|RNA1,RNA2,56:pair-2:pair$$$V2.0"

molecule = Molecule.from_helm(helm, strict=False, monomer_library=library)
molecule.display()

Display MoleculeData: polymers=4 (RNA=2, CHEM=2), connections=4

──────────────────────────────────────────────────── Structure ────────────────────────────────────────────────────

CHEM2 ─── CHEM1 ───  RNA1

│

│

                     RNA2

            Connectivity            
┏━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┓
┃ Pair        ┃ H-bonds ┃ Covalent ┃
┡━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1—CHEM2 │       0 │        1 │
│ CHEM1—RNA1  │       0 │        1 │
│ RNA1—RNA2   │       2 │        0 │
└─────────────┴─────────┴──────────┘

                          Summary                          
┏━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━┓
┃ Polymer ┃ Type ┃ Residues ┃ Sugars ┃ Bases ┃ Phosphates ┃
┡━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ CHEM2   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ RNA1    │ RNA  │       20 │     20 │    20 │         19 │
│ RNA2    │ RNA  │       21 │     21 │    21 │         20 │
└─────────┴──────┴──────────┴────────┴───────┴────────────┘

      CHEM Data      
┏━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━┓
┃ CHEM  ┃ Chemistry ┃
┡━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1 │ Ahx       │
│ CHEM2 │ PEG4      │
└───────┴───────────┘

                                                 RNA Data 5' -> 3'                                                 
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ RNA  ┃ Sugar                             ┃ Base                              ┃ Phosphate                        ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1 │ fl2r.m.fl2r.m.fl2r.m.fl2r.m.fl2r… │ U.C.U.C.G.U.G.G.C.C.U.U.A.A.U.G.… │ sp.sp.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p… │
│ RNA2 │ fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl… │ U.U.U.C.A.U.U.A.A.G.G.C.C.A.C.G.… │ sp.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.… │
└──────┴───────────────────────────────────┴───────────────────────────────────┴──────────────────────────────────┘

                                                    Connections                                                    
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ Source PolymerID ┃ Target PolymerID ┃ SourceMonomerPosition:SourceAttach… ┃ TargetMonomerPosition:TargetAttach… ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1             │ CHEM1            │ 59:R2                               │ 1:R1                                │
│ CHEM1            │ CHEM2            │ 1:R2                                │ 1:R1                                │
│ RNA1             │ RNA2             │ 2:pair                              │ 56:pair                             │
│ RNA1             │ RNA2             │ 56:pair                             │ 2:pair                              │
└──────────────────┴──────────────────┴─────────────────────────────────────┴─────────────────────────────────────┘

Without Separation Dots¶

To remove separation dots from the display, use separation=False:

In [3]:

Copied!

molecule.display(separation=False)
molecule.display(separation=False)

Display MoleculeData: polymers=4 (RNA=2, CHEM=2), connections=4

──────────────────────────────────────────────────── Structure ────────────────────────────────────────────────────

CHEM2 ─── CHEM1 ───  RNA1

│

│

                     RNA2

            Connectivity            
┏━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┓
┃ Pair        ┃ H-bonds ┃ Covalent ┃
┡━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1—CHEM2 │       0 │        1 │
│ CHEM1—RNA1  │       0 │        1 │
│ RNA1—RNA2   │       2 │        0 │
└─────────────┴─────────┴──────────┘

                          Summary                          
┏━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━┓
┃ Polymer ┃ Type ┃ Residues ┃ Sugars ┃ Bases ┃ Phosphates ┃
┡━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ CHEM2   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ RNA1    │ RNA  │       20 │     20 │    20 │         19 │
│ RNA2    │ RNA  │       21 │     21 │    21 │         20 │
└─────────┴──────┴──────────┴────────┴───────┴────────────┘

      CHEM Data      
┏━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━┓
┃ CHEM  ┃ Chemistry ┃
┡━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1 │ Ahx       │
│ CHEM2 │ PEG4      │
└───────┴───────────┘

                                                 RNA Data 5' -> 3'                                                 
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ RNA  ┃ Sugar                                                  ┃ Base                  ┃ Phosphate               ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1 │ fl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rmfl2rfl2r  │ UCUCGUGGCCUUAAUGAAAT  │ spsppppppppppppppppspsp │
│ RNA2 │ fl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rfl2rf… │ UUUCAUUAAGGCCACGAGAUU │ spppppppppppppppppppsp  │
└──────┴────────────────────────────────────────────────────────┴───────────────────────┴─────────────────────────┘

                                                    Connections                                                    
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ Source PolymerID ┃ Target PolymerID ┃ SourceMonomerPosition:SourceAttach… ┃ TargetMonomerPosition:TargetAttach… ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1             │ CHEM1            │ 59:R2                               │ 1:R1                                │
│ CHEM1            │ CHEM2            │ 1:R2                                │ 1:R1                                │
│ RNA1             │ RNA2             │ 2:pair                              │ 56:pair                             │
│ RNA1             │ RNA2             │ 56:pair                             │ 2:pair                              │
└──────────────────┴──────────────────┴─────────────────────────────────────┴─────────────────────────────────────┘

Alternative Method Name¶

You can also use visualize_display() which is an alias for display():

In [4]:

Copied!

molecule.visualize_display(separation=True)
molecule.visualize_display(separation=True)

Display MoleculeData: polymers=4 (RNA=2, CHEM=2), connections=4

──────────────────────────────────────────────────── Structure ────────────────────────────────────────────────────

CHEM2 ─── CHEM1 ───  RNA1

│

│

                     RNA2

            Connectivity            
┏━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┓
┃ Pair        ┃ H-bonds ┃ Covalent ┃
┡━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1—CHEM2 │       0 │        1 │
│ CHEM1—RNA1  │       0 │        1 │
│ RNA1—RNA2   │       2 │        0 │
└─────────────┴─────────┴──────────┘

                          Summary                          
┏━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━┓
┃ Polymer ┃ Type ┃ Residues ┃ Sugars ┃ Bases ┃ Phosphates ┃
┡━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ CHEM2   │ CHEM │        1 │      0 │     0 │          0 │
│ RNA1    │ RNA  │       20 │     20 │    20 │         19 │
│ RNA2    │ RNA  │       21 │     21 │    21 │         20 │
└─────────┴──────┴──────────┴────────┴───────┴────────────┘

      CHEM Data      
┏━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━┓
┃ CHEM  ┃ Chemistry ┃
┡━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━┩
│ CHEM1 │ Ahx       │
│ CHEM2 │ PEG4      │
└───────┴───────────┘

                                                 RNA Data 5' -> 3'                                                 
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ RNA  ┃ Sugar                             ┃ Base                              ┃ Phosphate                        ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1 │ fl2r.m.fl2r.m.fl2r.m.fl2r.m.fl2r… │ U.C.U.C.G.U.G.G.C.C.U.U.A.A.U.G.… │ sp.sp.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p… │
│ RNA2 │ fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl2r.fl… │ U.U.U.C.A.U.U.A.A.G.G.C.C.A.C.G.… │ sp.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.p.… │
└──────┴───────────────────────────────────┴───────────────────────────────────┴──────────────────────────────────┘

                                                    Connections                                                    
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ Source PolymerID ┃ Target PolymerID ┃ SourceMonomerPosition:SourceAttach… ┃ TargetMonomerPosition:TargetAttach… ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ RNA1             │ CHEM1            │ 59:R2                               │ 1:R1                                │
│ CHEM1            │ CHEM2            │ 1:R2                                │ 1:R1                                │
│ RNA1             │ RNA2             │ 2:pair                              │ 56:pair                             │
│ RNA1             │ RNA2             │ 56:pair                             │ 2:pair                              │
└──────────────────┴──────────────────┴─────────────────────────────────────┴─────────────────────────────────────┘